В начале фильма кто-то похищает образцы секретного Т-вируса из лаборатории и во время побега умышленно разбивает одну колбу со штаммом. Срабатывает система защиты, центральный компьютер, во избежание распространения вируса, запирает заражённых людей в помещениях комплекса и убивает их, используя все доступные методы.
Чуть позже некто Элис приходит в себя в душе в огромном особняке. Она не помнит, кто она. Во время осмотра особняка она встречает полицейского Мэтта Эдисона. В особняк проникает отряд коммандос. Командир отряда пытается разузнать у Элис какую-то информацию и поняв, что она потеряла память, берут её и полицейского с собой. Спецназ уходит вглубь особняка через стеклянную дверь (замаскированную под зеркало) до поезда, на котором они добираются до подземной лаборатории «Улей». Во время поездки они находят некоего Спенсера, который также потерял память. У Элис начинают появляться воспоминания, связанные со Спенсером.
Спецназовцы объясняют Элис, что здесь происходит. Оказывается, что поезд доставил их в «Улей» — секретную лабораторию корпорации «Umbrella» («Зонт»), расположенную под городом Раккун-сити, в которой велись исследования вирусов. Элис и Спенсер — оперативные работники корпорации Umbrella, которые жили в особняке, который, в свою очередь, по сути, является запасным входом в лабораторию. Некоторое время назад центральный компьютер базы «Красная королева» взбунтовалась и убила весь персонал. Компания выслала спецотряд, чтобы выключить компьютер. Система безопасности выпустила в особняк нервно-паралитический газ, который и стал причиной амнезии.
Добираясь до покоев «Красной королевы», погибают командир спецназа и трое солдат, попав в ловушку в коридоре с лазерами. В живых остаются только Элис, Спенсер, солдат Каплан, Мэтт, Рэйн и Джей Ди. Элис и Каплан, несмотря на все уговоры «Красной королевы», отключают её. В результате все закрытые двери открылись, выпустив на свободу весь зомбированый персонал. Зомби нападают на выживших людей и один из них кусает Рэйн. В результате жестокой схватки погибает Джей Ди, а Элис и Мэтт отделяются от группы.
Элис узнает, что Мэтт пытался получить образец экспериментального вирусного оружия под названием Т-Вирус с помощью своей сестры Лизы. Этот вирус и стал причиной возникновения зомби. Вирус разрабатывался компанией. Элис вспоминает, что Лиза была её контактом, но не может понять свою роль в событиях. Выжившие вновь собираются в покоях «Красной королевы», где они возвращают её к жизни и просят совета. Королева рассказывает о природе зомби, как их убить и говорит, как выбраться.
Когда Элис и команда пробираются по канализационным туннелям, на них нападают зомби. Рэйн ещё раз кусают (на этот раз зомбированный Джей Ди). Каплан отстаёт от команды и оказывается окружён зомби. Элис вспоминает, что существует анти-вирус, который может спасти Рэйн, но, придя в лабораторию, они не находят колбы с антивирусом. Неожиданно к Элис и Спенсеру возвращается память. Оказывается, что именно Спенсер украл вирус и вызвал катастрофу в лаборатории. Он закрывает всех в лаборатории, а сам убегает. Возле поезда на Спенсера нападает монстр-мутант Лизун. «Красная королева» предлагает Элис и Мэтту помощь, но взамен они должны убить Рэйн. Положение осложняется тем, что в лабораторию рвётся Лизун, убивший Спенсера и мутировавший, получив новую ДНК. Внезапно «Красная королева» отключается, дверь открывается и появляется сбежавший от зомби Каплан со словами «Мерзавка не открывала дверь, пришлось её поджарить!»
Все герои возвращаются к поезду. Элис добивает топором мутирующего Спенсера и забирает чемодан с вирусом и антивирусом. Все садятся в поезд и уезжают из лаборатории. Элис вводит Рэйн и Каплану антивирус. Неожиданно на поезд нападает Лизун (рвавшийся в лабораторию), который убивает Каплана и наносит ранение Мэтту. Элис удаётся пригвоздить язык Лизуна к полу. Мэтт собирается открыть люк в полу, чтобы скинуть Лизуна с поезда, но на его пути встаёт Рэйн, которая всё же зомбировалась. Мэтту приходится убить её. Он нажимает кнопку, и Лизун падает на рельсы и погибает, сгорая от удара током контактного рельса поезда.
Мэтт и Элис выходят в особняк, а позади них навсегда запираются двери в лабораторию. Неожиданно Мэтт начинает мутировать из-за раны, полученной им от Лизуна. Элис собирается ввести ему антивирус, но в особняк врываются учёные корпорации «Umbrella», хватают их и уводят в разных направлениях. Позже Элис просыпается в больнице города Раккун. Видимо, её долго тестировали и исследовали. Но сейчас больница будто заброшена. Элис выбирается на улицу и видит кругом разрушение и запустение. Она берёт в руки дробовик и готовится к новому кошмару.
